В аквариуме обитает огромное количество микроорганизмов: бактерии, корненожки, жгутиконосцы, инфузории и прочие. Но никто из них не в состоянии активно навредить Вашим растениям. Полагаю, что если растения гибнут, то микроорганизмы здесь ни при чем. Названные Вами рыбы питались какими-то из этих микроорганизмов в первые дни своей жизни (например инфузориями). Взрослые рыбы такой корм уже не замечают.