То что Вы описали, очень похоже на паразитов... Думаю, стоит покупать живой корм у постоянного и проверенного поставщика. Хотя мой папа ловил мотыля в пруду и рыбки не болели. Здесь как повезёт. Можно попробовать хранить живой корм в морозильной камере.

Я кормлю своих живым мотылём уже больше года(покупаю на птичке) и нет никаких проблем!!!!!!!!!!!!!!!

В живом корме действительно могут быть бактерии и паразиты которые могут навредить рыбам, особенно если корм некачественный, плохо промыт.  Как писалось выше можно замораживать корм, это делает его более безопасным (у меня с заморозкой проблем не было).  Что хочу сказать конкретно про мотыль, опытные аквариумисты не советуют им кормить часто, т.к. у мотыля твердая оболочка которая при частом кормлении раздражает желудок рыбы, что может вызывать гексамитоз, особенно это касается цихлид, также советуют не давать мясо теплокровных животных. Хорошо приучить рыб к самодельным фаршам, приготовленные из морских коктейлей, креветок, кальмара - хорошо если туда добавить зелень и витамины.